葡萄牙传教士曾德昭在《大中国志》中说大报恩寺和琉璃塔：“足以和最著名的古罗马建筑媲美的豪华建筑。”法国传教士李明，在《中华现势新志》中也说：“整个东方地区最好的建筑、最为高贵的大楼。”第一次鸦片战争期间，琉璃塔画像再次带到欧洲，引起了王室的轰动，也引发了他们后来的仿建热潮。与此同时，安徒生在《天国花园》里写了一个风的家庭，东风这样告诉妈妈：“我刚从中国来，我在瓷塔周围跳了一支舞，把所有的钟都弄得叮当叮当地响起来。”
千年佛脉
大报恩寺千年佛脉的缘起，可追溯到1700余年前的三国时期。
东吴政权时，精通六国语言的西域人支谦从洛阳来到吴地，孙权礼拜有加，佛教在吴地正式开始传播。20多年后，高僧康僧会也来了，孙权修建了“阿育王塔”，将高僧会感应请来的舍利供奉于塔下，系阿育王八万四千塔中之一，并敕建了中国南方最早的佛寺建初寺。这段历史被初唐第323窟敦煌壁画记载了下来。
东晋时，建初寺和阿育王塔毁于战乱，后执政重臣何充重建，改名“长干寺”。僧慧达法师找到了建初寺地宫，发现佛祖舍利、指甲和头发，建了一座单层宝塔。大报恩寺中舍利曾多次放光。民国张惠衣在《金陵大报恩寺塔志》中写道：“余……读书长干僧舍，尝以夜见塔放光，初为一缕，从门中冉冉出，渐见各门皆有光气，愈蒸愈变，同时喷涌塔九级”……清代还有周亮工、王瀣等多处记叙。
六朝梁武帝扩建了许多寺院，建造了佛堂“瑞像周回阁”，由绘画圣手张僧繇在四壁上画满了壁画，“画龙点睛”的成语就是出自他的故事。
北宋时期，僧可政演化大师千里背负玄奘顶骨来到南京，修塔瘗埋。后将长干寺旧址屡显舍利感应之事上报了朝廷，使寺庙在原址得以复建，宋真宗将长干寺改称了“天禧寺”。
元世祖忽必烈异常重视天禧寺，下令将秦桧家族的家庙“旌忠寺”没收，拨给天禧寺作为下院。元朝文宗皇帝曾在南京为藩王，登上皇位后，从个人内库中捐出三碗黄金，出资维修。那时，佛光大师开讲天禧寺，一时学者云集，宗风大振。
朱元璋登基后，天禧寺被礼部定为讲教大刹，与蒋山寺（灵谷寺）、天界寺并称金陵三大佛刹。明代第一部官刻《大藏经》，也是在天禧寺完成的。自明代一直到康熙年间，大报恩寺一直承担着全国绝大部分寺庙的印经任务，是中国佛经流通的绝对中心，遍天下名刹。
后来天禧寺再次毁于战火，才有了朱棣建大报恩寺的历史。
殊胜皇寺
大报恩寺，南至雨花台，北抵秦淮河，东至明代虢国公墓园，西至聚宝街，400多亩，四周总长“九里十三步”。超级规格的建制来自朱棣，他要求“高壮坚丽，度越前代”。工程使用十万兵役，耗费白银248.5 万两，直至其孙登位三年后，才最终落成。竣工大典是郑和主持的。
施工极其考究，地基上先钉入粗大木桩，焚烧后让它变成木炭，再用铁轮滚石夯实，木炭上加铺一层朱砂，以防潮、杀虫。寺内有金刚殿、观音殿、伽蓝殿等20多座，画廊108处，经房38间。
琉璃塔则建在一个巨大的石台基上，每层八门，四虚四实，上下错开。为了点灯，选了行童百名，轮流不间断地添油剪芯。室内为方井，上下两层相错45度，楼梯按顺时针方向盘旋而上。塔顶为黄金宝顶，其下为九级相轮，重3600斤。
如此盛大动人的佛刹，相传在清咸丰六年（1856年），在太平天国的内讧战争中，被韦昌辉一朝炸毁了。几天后，韦昌辉也被洪秀全处以了死刑。
大报恩寺所在的长干里区域曾是洋务运动的重镇，20世纪60年代，新中国将它新生为南京晨光机器厂。近年来，晨光厂开拓的诸多新领域中，大型露天金属造像的铸造技术最为独步天下，承造了香港宝莲寺天坛大佛、无锡灵山大佛、三亚观音圣像，有如千年佛脉冥冥中的神奇延伸。
2008年，考古队发现了长干寺地宫，出土了铁函、七宝阿育王塔，以及塔中供奉的“佛顶骨舍利”。阿育王塔高1.1米、宽40厘米，是当前中国范围内已发现的最大规模的阿育王塔。据碑文与X射线探测双重验证，塔身内供奉有金棺银椁和大小银函各一套，其内有 “佛顶真骨”“感应舍利十颗”等稀世佛教圣物，其中感应舍利在《高僧传》《法苑珠林》里都有记载。
高坚壮丽第一塔
利玛窦来到南京，曾与大报恩寺住持雪浪大师进行过一场激烈的辩论。那个时期，也是琉璃塔名震欧洲，被誉为与罗马斗兽场、亚历山大地下陵墓、比萨斜塔相媲美的 “世界第七大奇迹”的时期。
琉璃塔建造于明永乐十年，十七年后竣工，九层八面，高达78.2米，甚至数十里外长江上也可望见。
塔身白瓷贴面，拱门琉璃门券，门框是五色琉璃砖。刹顶镶嵌金银珠宝。角梁下悬挂风铃152个，日夜作响，声闻数里。塔灯长明144盏，每天耗油64斤，金碧辉煌。通体用琉璃烧制，被称为“天下第一塔”“中国之大古董，永乐之大窑器”，是当时中华帝国在世界上的logo。
朱棣是大报恩寺的总设计师，他曾给琉璃塔御赐了“第一塔”的塔名。整个建筑除中心柱外“不施寸木”，外表的装饰可归结为“碧瓦、朱栏、白墙、彩门”，华彩灼灼。夜间灯光宛如火龙，闪耀无比，令时人一见顿生念佛念法念僧之心。
琉璃塔的华贵主要在于通体琉璃。琉璃，又称青金石、玻璃，是陶瓷技术中的一种，需要1200摄氏度和800摄氏度高温两次烧制。因为琉璃构件每件的形状、颜色和纹饰都不一样，烧制极为不易。
汤显祖曾赞颂雪夜里的琉璃塔：“犹余水晶塔，刻画于阗妙。五色金陵外，千年灯火照。” 当时很多文人都曾写诗作文记述。康熙和乾隆也对大报恩寺和琉璃塔赞叹不已，乾隆六次南巡，每次都驾幸这里，写下了大量诗歌，犹嫌不足，回北京后，令工匠仿照南京琉璃塔修建了多座。
玄奘舍利与南京
根据佛经记载，舍利是僧人生前因戒定慧的功德熏修而自然感得，它的成因至今是一个谜。南京是中国历史上瘗藏、供奉佛舍利圣物最早、最多的城市。而大报恩寺之所以是佛教圣地，也因它汇集了佛顶骨舍利、感应舍利、玄奘顶骨舍利和诸圣舍利四份佛门至宝。
玄奘舍利的故事非常曲折。玄奘圆寂于陕西玉华宫，先安葬于东郊白鹿原。无奈高宗太过伤心，群臣奏请将玄奘遗骨迁到了少陵原，建“大唐护国兴教寺”。唐末，舍利塔遭盗，几位寺僧将一块顶骨护送到了终南山的紫阁寺。北宋时，天禧寺住持可政大师去终南山朝圣，千里背负，迎归到了天禧寺，建了“三藏塔”供奉。
朱棣修建大报恩寺时，在塔旁新建了“三藏殿”，辟为僧人研讨佛法的场所。明、清两代，三藏塔与三藏殿一直是大报恩寺中重要的组成部分。太平天国动乱中，大报恩寺彻底被毁，珍藏有玄奘法师顶骨舍利的三藏塔地宫完整保留了下来。
日占时期，日本军队无意间发现了三藏塔地宫，见石函上书“大唐三藏大遍觉法师玄奘顶骨，早因黄巢发塔，今长干演化大师可政，于长安传得……”，消息传出，民众愤慨，日军不得不移交给了中国。
高僧巍巍
大报恩寺历史上，高僧辈出，弘范三界。北宋时，寺制改为十方寺，使永公（慧严法师）这样的高僧（东京法云寺法秀圆通禅师的高弟）得以入住天禧寺。永公慧严通过堆土的方法，改造了地形。后僧众达到了五六百，“直一大丛林矣”。
元初佛光大师开讲天禧寺，获得元世祖特拨的寺产及“元兴慈恩旌忠教寺”。佛光大师住持天禧寺30年，讲《法华经》《华严经》等，到英宗至治二年（1322）二月坐化，享年88岁。其塔铭由书画大家赵孟钴书写：“……与七众授戒。必令其立誓无犯。遇岁俭煮糜粥。以食饿殍数万人。居天禧三十余年。一衲一履终身不易。过午不食。夜则危坐以苦诵丧明……”，可见佛光大师的德行。
明初，大约在天禧寺重修之后，高僧溥洽被朱元璋召至南京，任天禧寺住持。朱棣曾下令修缮天禧寺浮图， “落成之日，车驾临幸，命师庆赞。祥光烨煜，万众聚观，天颜愉怿”。
西林永宁法师于嘉靖十年（1531）住持大报恩寺，深以僧侣无学为忧，请云谷、守愚诸师，为众开讲，佛法渐盛，有所谓“自是禅道佛法乃大行，方知有十方接待，皆吾祖翁力兴起也”。后，西林法师“于憨山怀中寂然而逝，世寿八十有三”。
憨山德清大师更是一代著名的高僧大德，功德巍巍。他“七岁见叔母生子，又见叔死，即抱生死去来之疑。年十二，礼南京报恩寺西林宁公为师。时嘉兴云谷会，住栖霞报恩，师执侍甚勤，谷开发悟明心地，师即请西林剃落，尽烧所习外学，谒无极受具，听讲华严玄谈有省。乙丑，谷结禅期于天界，举师入堂。为明初四大高僧之一，倡禅净无别，三教归一”。明末诗人钱谦益曾评价“自楚石，泐潭已后，狮弦绝响，崛起为紫柏、海印（憨山）二大师”，憨山大师为大报恩寺和晚明佛教的振兴、慈济众生贡献了毕生的力量。
驻锡过大报恩寺的高僧大德还有诗僧雪浪洪恩、画僧石涛、画僧髡残，雪浪洪恩被称为明初第一诗僧，画僧石涛和髡残与弘仁、朱耷并称“四大画僧”，石涛和髡残各个开创了内涵丰富的鲜明画风，启发了扬州画派了产生。（现代画报）
